Отношение сигнал/шум (Signal to noise ratio) определяет отношение минимального уровня сигнала, полученного от сканирующего элемента сканера, к номинальному уровню шумов линейки ПЗС. Так как электронные шумы, или флуктуационные шумы, представляющие из себя небольшие значение тока, искажают полезный сигнал, то в тех местах, где сигнал особенно слаб, возможны значительные искажения цветового тона. Слабым сигнал является в теневых участках, где сканирующий элемент улавливает малое количество отраженного от оригинала (или просвечиваемого через оригинал) света. Таким образом, паразитная флуктуационная составляющая домешивается к значению полезного сигнала, и может значительно изменять его (возникает эффект, известный как меланж). Отношением сигнал/шум обычно оценивают чувствительность линейки ПЗС, чем выше этот коэффициент, тем выше чувствительность сканера и выше качество сканирования оригинала. Поскольку флуктуация неизбежна (возникает из - за теплового движения микрочастиц в полупроводниках), существует несколько способов уменьшения ее влияния - пассивное и активное охлаждение линейки ПЗС, применяемое в современных сканерах, применение полупроводников с наивысшей степенью очистки, и другие способы.